复旦大学附属肿瘤医院内镜科创建于1978年，是全国最早建立的消化道肿瘤诊治内镜专科和国家基本内镜培训基地之一。科室具备一支高学历、高活力的学术梯队，现有医护人计30名。科室技术力量雄厚，注重新技术推广应用，配备有世界最先进的高清放大胃肠镜、超声内镜、十二指肠镜、气管镜、高频电凝电切和氩气刀等设备，设有21个诊疗间，其中徐汇院区可开展12台，浦东院区可开展7台，总院可开展3台。近年，科室基于临床问题，聚焦医疗器械新研发，打造创新型内镜团队，争取开展原创性内镜手术，积极开展医工交叉研究，助力肿瘤精准诊疗，并将医工交叉研究确定为学科发展的重点方向。
科室以消化道肿瘤早诊早治为契机，率先开设早癌筛查门诊，通过“一站式”早癌筛查、诊断、微创手术工作的全流程管理，一次就诊即可实现涵盖口咽、食管、胃、肠、肝胆胰的全消化系肿瘤的排查及诊疗。科室依托于我院肿瘤的专科特色，开展了大量疑难肿瘤的内镜诊治工作，其中包括大范围或困难部位的ESD完整切除、多次转诊的高难度ERCP和支架治疗、十二指肠主乳头病变的内镜切除、消化道肿瘤反复活检阴性的超声内镜活检、胰胆肿瘤的超声内镜诊断工作等。
2024年10月28日，复旦肿瘤厦门医院内镜科正式成立。科室特邀上海总院内镜科主任、复旦大学内镜诊疗研究所副所长刘建强教授担任学科带头人，同时由张晓兰教授出任科室执行主任。在他们的引领下，科室汇聚了一批经过上海总院严格培训并通过考核的优秀青年医师，他们积累了丰富的内镜检查及治疗经验，为患者带来了专业、优质的医疗服务。