复旦大学附属肿瘤医院病理科创立于1949年，是新中国成立最早的病理科之一，是国家重点学科、卫生部临床重点学科、国家临床重点专科、上海市临床病理质控中心挂靠单位，也是全国首个CNAS医学实验室认可的病理科。曾连续11年位列《中国医院最佳专科声誉排行榜》全国病理学科第一名，是国内开展亚专科最早、最完善的病理科室，目前已形成完备的组织（细胞）病理-免疫病理-分子病理的综合诊断平台。科室是全国肿瘤病理最大的会诊中心，年会诊病例超过40000例，也是全国最大的病理医生进修基地。
复旦肿瘤厦门医院病理科于2024年7月正式开科，科室重点打造病理会诊中心与分子病理中心“两个中心”建设。病理会诊中心由上海总院病理科王坚主任亲自坐镇，同时总院各病理亚专科专家开展疑难病例远程病理会诊工作。分子病理中心全面开展肿瘤相关基因检测，包括FISH、PCR、Sanger测序、MSI检测、IG/TCR基因重排、NGS等技术平台，为临床及患者提供与上海总院同质化病理诊断及基因检测。