厦门大学附属第一医院病理科始创于1957年，距今已经有60余年的历史，是闽西南建立最早的病理科，历经了几代病理人的不懈努力，目前已经发展成为闽西南集医疗、科研、教学于一体的闽西南地区最大临床病理诊断中心。科室为福建省临床重点专科建设单位，福建省卫健委病理质量控制中心厦门市分中心，厦门市卫健委病理质控中心，厦门市医学会病理学。医师队伍以中青年、硕博士为主，人才建设梯队较合理，学历层次高，基础及专业技能扎实。科室实验室设置合理、设备先进齐全，积极跟进国内外疾病进展及动态，及时开展新技术、新业务，优化规范化流程。
海沧院区病理科于2024年7月1日开业，严格参照国家三甲医院病理科标准建设，布局合理，设备先进齐全，拥有全自动免疫组化染色系统、组织脱水包埋流水线、数字切片扫描仪及全套分子检测设备，技术平台与行业前沿保持同步。科室秉持“人才强科”理念，全体医技骨干均在复旦大学附属肿瘤医院病理科进行一年以上的系统化、规范化进修深造，全面接轨国内顶尖病理诊断技术。科室全面融入总院一体化管理体系，从标本前处理、染色流程到结果判读，均执行统一的技术操作规范与室内质控标准。科室不仅夯实了常规病理与细胞病理基础，且免疫组化平台全面成熟，更重点发力精准病理，依托完善的分子病理技术矩阵（涵盖FISH、PCR、Sanger测序及MSI检测等），科室已形成从组织形态到分子层面的阶梯式诊断体系，为临床肿瘤靶向治疗、免疫治疗及预后评估提供强有力的循证支撑。